For nylig opdagede jeg noget fantastisk!Mange avancerede eksperimentelle fagfolk omkring ham kender ikke engang nogle meget grundlæggende eksperimentelle videnspunkter.

Kan du for eksempel svare på følgende spørgsmål?

Er der forskel på OD260 og A260?Hvad betyder hver især?
OD er ​​forkortelsen for optical density (optical density), A er forkortelsen for absorbance (absorbans), de to begreber er faktisk de samme, "optical density" er "absorbance", men "optical density" er på linje med de fleste nationale standarder og mere standardiseret.

Normalt måler vi OD-værdien ved 260nm for at beregne nukleinsyrekoncentrationen, så hvad repræsenterer 1OD?
Nukleinsyre har en maksimal absorptionstop ved en bølgelængde på 260 nm, som indeholder både DNA og RNA, samt fragmenterede nukleinsyrefragmenter (dette er nøglepunktet).
OD-værdien målt ved en bølgelængde på 260 nm blev registreret som OD260.Hvis prøven er ren, kan OD260-værdien beregne koncentrationen af ​​nukleinsyreprøven.
1 OD260=50 μg/ml dsDNA (dobbeltstrenget DNA)
=37 μg/ml ssDNA (enkeltstrenget DNA)
=40 μg/ml RNA
=30 μg/ml dNTP'er (oligonukleotider)
Er der nogen forbindelse og forskel mellem RT-PCR, Realtime-PCR og QPCR?
RT-PCR er en forkortelse for Reverse Transcription PCR
Real Time PCR=qPCR, forkortelse for Quantitative Real Time PCR
Selvom Real Time PCR (real-time fluorescerende kvantitativ PCR) og Reverse Transcription PCR (revers transcription PCR) begge synes at være forkortet som RT-PCR.Men den internationale konvention er: RT-PCR refererer specifikt til revers transkriptions-PCR.

Hvad er de almindeligt anvendte nt, bp og kb til at beskrive længden af ​​DNA/RNA i biologi?
nt = nukleotid
bp = basepar basepar
kb = kilobase

Selvfølgelig vil man sige, at mange mennesker er ligeglade med disse små detaljer!Alle gør dette, og ingen vil spørge dig, hvad det er.Du ved godt det er unødvendigt, ikke?

Nej, nej, nej, det er meget nødvendigt at vide det!på grund af hvilket?
Fordi du gerne vil poste en artikel!Bror!Uanset om du sigter efter eksamen eller forfølger videnskabelige forskningsresultater, skal du stole på artikler for at tale!

Nukleinsyreekstraktion bør være det enkleste og mest basale eksperiment.Kvaliteten af ​​nukleinsyreekstraktion bestemmer direkte resultaterne af efterfølgende eksperimenter.

Selvom jeg har sagt det mange gange, er der stadig mange venner, der er ligeglade.Denne gang besluttede jeg at flytte ud af artiklen!

Minimumsoplysninger for offentliggørelse af kvantitative realtids-PCR-eksperimenter, kaldet MIQE, er et sæt retningslinjer for kvantitative fluorescenseksperimenter, der er lanceret internationalt, og som foreslår minimumsstandarder for den eksperimentelle information, der er nødvendig for evaluering af fluorescens kvantitative PCR-eksperimenter og udgivelse af artikler.Gennem de eksperimentelle forhold og analysemetoder, som forsøgslederen stiller til rådighed, kan bedømmerne bedre vurdere validiteten af ​​forskerens forsøgsskema.

Det kan ses, at i afsnittet om nukleinsyreekstraktion er følgende detektionspunkter blevet foreslået,

"E" angiver oplysninger, der skal gives, og "D" angiver oplysninger, der bør gives, hvis det er nødvendigt.

Formen er meget kompliceret, faktisk vil jeg sige, at alle skal tage udgangspunkt i

renhed (D), udbytte (D), integritet (E) og konsistens (E) for at evaluere nukleinsyrer i disse fire aspekter.

Ifølge eksperimentelle vaner, tal først om evalueringsmetoderne for renhed og koncentration.

OD-måling er den foretrukne og nemmeste detektionsmetode for forsøgsledere.Hvad angår princippet, vil jeg ikke gå i detaljer her.Mange laboratorier bruger nu ultra-mikrospektrofotometre til direkte kvantitativt at analysere nukleinsyreprøver.Mens absorbansværdien vises, giver programmet direkte koncentrationsværdien (nukleinsyre, protein og fluorescerende farvestof) og relaterede forhold.Med hensyn til analysen af ​​OD-værdien, Gem dette billede, og du vil være i orden.

Universal OD værdi løsningsliste

Der er dog et par advarsler, der skal tages frem separat for dig.

(Jeg ved jo, at du skal være dem, der sparer op og venter, indtil du har brug for dem!)

Note 1 Udstyr

OD-værdien vil blive påvirket af forskelligt udstyr.Så længe OD260 er inden for et bestemt område, er værdierne for OD230 og OD280 meningsfulde.For eksempel er absorbansområdet for den almindelige Eppendorf D30 ved 260nm 0~3A, og NanoDrop One af Thermo er ved 260nm.Absorbansområdet på 0,5~62,5A.

Note 2Fortyndingsreagens

OD-værdien kan påvirkes af fortynding af forskellige reagenser.For eksempel OD260/280-aflæsningen af ​​oprenset RNA i pH7,5 10 mM Trisbuffer er mellem 1,9-2,1, mens ineutral vandig opløsningforholdet vil være lavere, måske kun 1,8-2,0, men det betyder ikke, at kvaliteten af ​​RNA ændrer sig.

Note 3Resterende stoffer

Tilstedeværelsen af ​​reststoffer vil påvirke nøjagtigheden af ​​måling af nukleinsyrekoncentration, så det er nødvendigt at undgå protein-, phenol-, polysaccharid- og polyphenolrester i nukleinsyreprøver så meget som muligt.

Men faktisk er ekstraktion med organiske reagenser en gammel metode.I kommercielle kits kan ekstraktionseffekten opnås gennem en silica-baseret adsorptionssøjle kombineret med centrifugering, undgår giftige og skadelige organiske reagenser, der er svære at fjerne osv. Problemet, som f.eks.Foregenes nukleinsyreekstraktionssæt, bruger ikke DNase/RNase og giftige organiske reagenser under hele operationen, hurtigt og sikkert, ogeffekt ergodt(sagde ved et uheld, at den var skaldet, men jeg ved, at du gerne vil vide det).

Eksempel 1: Genomisk DNA-ekstraktionsudbytte og renhed

Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) behandler jordprøver fra forskellige kilder, og mængden og renheden af ​​det opnåede genomiske DNA er vist i følgende tabel:
Eksempel 2: Vævs-RNA-ekstraktionsudbytte og renhed

Animal Total RNA Isolation Kit (RE-03012) behandlede forskellige vævsprøver, og mængden og renheden af ​​opnået RNA er vist i tabellen nedenfor (for musevæv):
Tro dog ikke, at du er færdig med OD-værdien.Har du nogen tage sig af de nøglepunkter, jeg tegnede for dig foran?

Varsel

Fragmenterede nukleinsyremolekyler vil også blive beregnet i absorbansen.Hvis du antager, at du har genomiske DNA-rester i RNA'et, vil din OD-værdi synes at være meget høj, men den faktiske koncentration af RNA kan ikke bestemmes.Om dit RNA er Det er ikke klart, om der er nedbrydning, så vi har stadig brug for en omfattende evalueringsmetode for at give en mere præcis bedømmelse, det vil sige den nukleinsyreintegritetsevaluering, der er nævnt i MIQE.